Το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο γνωμοδοτεί όποτε απαιτείται επιτόπια εξέταση των θεμάτων, δηλαδή αυτοψία, σύμφωνα με την ΥΠΠΟ/ΔΟΕΠΥ/ΤΟΠΥΝΣ/14/3698/20-1-04 Υ.Α. (ΦΕΚ 70/13/20-1-04), για τις περιπτώσεις που υπάγονται σε κηρυγμένες, προς κήρυξη ή προς επανακαθορισμό Αρχαιολογικές Ζώνες Προστασίας ή σε θέματα, που έχουν ανάγκη περαιτέρω εξέτασης, προκειμένου η αιτιολόγηση της γνωμοδότησης του Κ.Α.Σ. να είναι σαφής, συγκεκριμένη και επαρκής.

Η αυτοψία διενεργείται από την Ολομέλεια του Συμβουλίου ή από Επιτροπή που απαρτίζεται από ορισμένα μέλη του ή άλλους ειδικούς επιστήμονες ή εμπειρογνώμονες, εντός ευλόγου χρονικού διαστήματος και εφόσον το επιτρέπουν οι καιρικές συνθήκες. Μετά την πραγματοποίηση της αυτοψίας, το θέμα εισάγεται εκ νέου προς συζήτηση στο Συμβούλιο για την οριστική γνωμοδότηση.

Η αυτοψία διοργανώνεται από το Τμήμα Γραμματείας του Συμβουλίου, το οποίο μεριμνά για τη μετακίνηση των μελών, την τήρηση του προγράμματος της αυτοψίας και την ομαλή διεξαγωγή της, καθώς και για την πιθανή παρουσία ενδιαφερομένων πολιτών.

Το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο σε όλη την Ελλάδα κατά το έτος 2011 πραγματοποίησε 28 αυτοψίες, το 2012 πραγματοποίησε 25 αυτοψίες, το 2013 πραγματοποίησε 15 αυτοψίες, ενώ το 2014 πραγματοποίησε 14 αυτοψίες.