Η συγκρότηση και η λειτουργία του Ειδικού Οργάνου ΚΑΣ-ΚΣΝΜ καθορίζεται και ρυθμίζεται με βάση την ακόλουθη νομοθεσία:

• Νόμος 3028/2002, «Για την προστασία των Αρχαιοτήτων και εν γένει της Πολιτιστικής Κληρονομιάς»,
• Προεδρικό Διάταγμα 4/2018 «Οργανισμός Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού» (ΦΕΚ 7/Α/22-01-2018),
• Υπουργική Απόφαση ΥΠΠΟΑ/ΑΤΝΕΚΕ/567515/2284/14-10-2020 (ΦΕΚ 4612/Β/ 19-10-2020) «Οργάνωση και Λειτουργία των Συμβουλίων του Ν. 3028/2002 στο Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού»,
• Νόμος 2690/1999, άρθρο 13-15 «Κώδικας Διοικητικής Διαδικασίας».

Το Ειδικό Όργανο ΚΑΣ-ΚΣΝΜ γνωμοδοτεί για το χαρακτηρισμό ως μνημείου ακινήτου προγενέστερου των 100 τελευταίων ετών με αρχιτεκτονική, πολεοδομική, κοινωνική, εθνολογική, λαογραφική, τεχνική, βιομηχανική, ή εν γένει ιστορική, καλλιτεχνική ή επιστημονική σημασία ή ακινήτου μεταγενέστερου των 100 τελευταίων ετών με ιδιαίτερη αρχιτεκτονική, πολεοδομική, κοινωνική, εθνολογική, λαογραφική, τεχνική, βιομηχανική, ή εν γένει ιστορική, καλλιτεχνική ή επιστημονική σημασία, το οποίο βρίσκεται σε αρχαιολογικό χώρο ή πάνω σε αρχαίο (άρθρο 50 παρ. 6β του Ν. 3028/2002) χωρίς να αναιρείται η προστασία αυτών.

Επίσης, γνωμοδοτεί για θέματα στα οποία κρίνεται εάν είναι αναγκαία η ολική ή μερική, διαρκής ή προσωρινή άρση της προστασίας ακινήτου μνημείου προκειμένου να προστατευθεί άλλο μνημείο σε περιπτώσεις που εξετάζονται μνημεία διαφορετικών περιόδων, δηλαδή αρχαία και νεώτερα μνημεία (άρθρο 50 παρ. 6 α και β του Ν. 3028/2002 σε συνδυασμό με το άρθρο 6 παρ. 11 του ιδίου Νόμου).

Τα προς γνωμοδότηση θέματα υποβάλλονται στο Συμβούλιο από τις αρμόδιες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας του ΥΠ.ΠΟ.Α. Η συζήτηση των θεμάτων γίνεται με βάση την Ημερήσια Διάταξη, η οποία συντάσσεται από το Τμήμα Γραμματείας του ΚΑΣ, κατόπιν εισηγήσεως των αρμοδίων Διευθύνσεων, και υπογράφεται από τον Πρόεδρο του Συμβουλίου, Γενικό Γραμματέα Πολιτισμού του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού.

Μετά τη συζήτηση ενός θέματος, ο φάκελος της υπόθεσης επιστρέφεται από το Τμήμα Γραμματείας του ΚΣΝΜ στην αρμόδια Διεύθυνση μαζί με τη Γνωμοδότηση, που υπογράφεται από τον Πρόεδρο ή τον Προεδρεύοντα του Ειδικού Οργάνου. Ακολουθεί η έκδοση της Υπουργικής Απόφασης επί του ζητήματος, για το περιεχόμενο της οποίας ο Υπουργός ή οι αρμόδιοι Γενικοί Διευθυντές δεν δεσμεύονται από τη Γνωμοδότηση του Ειδικού Οργάνου. Παράλληλα συντάσσονται από το Γραμματέα του ΚΣΝΜ τα Πρακτικά της συνεδρίασης, τα οποία υπογράφονται από τον Πρόεδρο ή τον Προεδρεύοντα.

Το Ειδικό Όργανο ΚΑΣ-ΚΣΝΜ συνεδριάζει τέσσερις φορές το χρόνο.